黒神めだか率いる箱庭学園生徒会。善吉、阿久根、喜界島が加入し、現在は四人で活動中である。その生徒会が設置する目安箱、"めだかボックス"には、２４時間３６５日、誰もが様々な悩みを投書でき、投書を受けた生徒会は期待に応えるため奮闘の日々を送っていた。学園生徒を危険に晒す『フラスコ計画』を潰すため計画の主導者である『十三組の十三人』が待つ地下研究施設へと乗り込んだ生徒会。地下一階を突破した一同は、続く地下二階で殺しの技術に精通する暗器使いの宗像と遭遇し…!?