木ノ葉隠れの里、忍術学校の問題児だったナルトは、サスケ、サクラと共に忍者の仲間入りを果たす。数々の試練と戦いを経て成長して行くナルトたち。だが、己の復讐を諦め切れなかったサスケは、大蛇丸の力を求め里を去っていった…。
　それから2年余。修業を積んだナルトは、尾獣を狙う“暁”との激闘を繰り広げる。一方、イタチとの戦いを制し、兄の真意を知ったサスケは"暁"と組み、木ノ葉への復讐を誓う。
　マダラからの宣戦布告を受けた各里の長達は、忍連合軍結成のために動き出す。そんな中、ついに敵の一人・ダンゾウを倒したサスケ。復讐に取りつかれたサスケを止めようと試みるサクラだったが、逆に命を狙われカカシに救出されて…!?