尸魂界での激闘を終え、現世に戻ってきた一護たち。
ルキアは尸魂界に残り、霊力の回復に努めることとなったが、その間の空座町の死神代行として一護が正式に任命された。
死神稼業以外は平穏な生活を送れるかと思ったのもつかの間、平子真子と名乗る謎の転校生が、斬魄刀と仮面を携え一護に迫る。

　圧倒的な破面の力の前に、一護は力の差を思い知らされる。仲間を護りきれなかったことに対する葛藤。
だが、空座町の危機を護廷十三隊が黙って見ているはずもなく、十番隊隊長・日番谷を筆頭として先遣隊を派遣する。その中には霊力を取り戻したルキアの姿もあった。彼らから藍染の目的を知らされた一護であったが、破面の急襲に遭いまたしても苦戦を強いられる結果となった。

　平子率いる“仮面の軍勢”との修行を経て、内なる虚をおさえこんだ一護は、虚化を会得する。その間、尸魂界では藍染の侵攻を冬、と予測していた。しかし、実際は織姫が藍染によって連れ去られてしまう。事態を重く見た一護は、虚圏と呼ばれる破面たちの居住区域に潜入することを決意する。

　時は遡り、100年前。尸魂界では魂魄が相次いで消失するという事件が起きていた。その事件の調査に当たった六車拳西率いる九番隊も事件に巻き込まれる。事態を重く見た尸魂界は急遽総力を結集しての調査に乗り出す。

　藍染が空座町へ侵攻を開始することを決断したと同時に、尸魂界からの密命を受けていた浦原は、空座町で護廷十三隊を展開可能にするために、空座町のレプリカを作り上げていた。永き因縁、避けられぬ事態。遂に、藍染たちと護廷十三隊との全面対決の火蓋が切って落とされるのであった。

　空座町では平子たち“仮面の軍勢”の加勢によって十刃を撃破したかと思われたが、その奥に控えていた藍染直属の部下、市丸ギン、東仙要によって再び壊滅状態に陥る。虚圏から駆けつけた一護、そして一護の父でもある一心、浦原も加わり、闘いは終極へと動いていくのであった…。