時は遡り、100年前。尸魂界では魂魄が相次いで消失するという事件が起きていた。その事件の調査に当たった六車拳西率いる九番隊も事件に巻き込まれる。事態を重く見た尸魂界は急遽総力を結集しての調査に乗り出す。

　裏で糸を引いていたのは当時副隊長であった、若き藍染であった。藍染の不穏な動きに気づいていたはずの当時の五番隊隊長平子真子は、藍染の謀略にかかり、実験台とされてしまう。藍染の実験台となった平子達を救おうと隊長に推挙されたばかりの浦原が現場に急行するも、叶わず。逆に大逆の罪を着せられ、尸魂界追放の処分となる。こうして、全ての過去がつながっていく―――。

【零番隊】王族特務とされる部隊。人数、隊長、任務内容その他詳細は謎に包まれたままであるが、元十二番隊隊長であった曳舟桐生が所属したことだけは確認されている。